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  Tecnologia

Supercomputador Santos Dumont: uma arma tecnológica na luta contra a covid-19

LNCC em Petrópolis é responsável pelo monitoramento genômico do vírus no Estado

 
   Dra. Ana Tereza Vasconcelos

Priscila Torquato – especial para o Diário

O computador de alto desempenho instalado no Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) no Quitandinha é uma das armas no enfrentamento a pandemia no Estado. A máquina é utilizada para processar os dados do projeto “Rede Fluminense de ômicas na covid-19”, que faz o monitoramento epidemiológico do vírus SARS-CoV-2, responsável pela infecção. Além do supercomputador, o trabalho de seqüenciamento do vírus também é feito no local. Coordenado pela pesquisadora, Dra. Ana Tereza Vasconcelos, o projeto identifica mutações e novas linhagens do vírus. “A vigilância genômica no estado do Rio de Janeiro é importante como medida de acompanhamento e prevenção da dispersão de linhagens.”

Monitoramento e análise dos dados

A cada 15 dias, cerca de 380 amostras de pessoas infectadas são coletadas aleatoriamente nos municípios do Estado. O material é enviado ao laboratório de bioinformática no LNCC, que realiza o sequenciamento dos genomas e as análises de bioinformática para identificação das linhagens circulantes bem como a dispersão geográfica do vírus.

“Depois do sequenciamento, os dados são processados no supercomputador Santos Dumont que compara os resultados com outros materiais e armazena essas informações. A partir desse processo produzimos as notas técnicas que são usadas pela Secretaria Estadual de Saúde para entendimento sobre a circulação do vírus no Estado, quais variantes estão atuantes, se houve novas mutações ou ainda, se uma nova linhagem foi identificada”, explica a pesquisadora.  

Foi a partir dos resultados dessas análises que o Estado identificou o avanço da variante Delta, que teve origem na Índia e é considerada mais transmissível.

Entre os dias 06.04.2021 e 18.06.2021, as análises coletadas em residentes de 86 municípios do Rio identificavam o aparecimento de dois genomas da B.1.167.2 (Delta), representando 0,57% do total de linhagens identificadas. No relatório seguinte que analisou amostras coletadas entre os dias 30.05.2021 e 02.07.2021, esse percentual passou para 16,62%, quando foram identificadas 63 amostras da linhagem B.1.1.167.2 (Delta).

“Para obter esses resultados foi essencial termos o Santos Dumont. Ele tem uma capacidade de processamento de dados e armazenamento que acelera a produção dos resultados. Ele faz esse trabalho em um dia e meio, comparando com informações de todo o mundo”, conta a pesquisadora.

Resultados e aplicação dos dados

A cada ciclo de análises o projeto emite uma nota técnica com os resultados obtidos no processamento dos dados. Essas informações são utilizadas pelas autoridades em saúde para nortear ações de enfrentamento à pandemia. Recentemente o governo do Estado anunciou que a aplicação da segunda dose da vacina do laboratório AstraZeneca seria antecipada. O intervalo seria de oito semanas, diferentemente do que vinha sendo adotado quando o intervalo era de 12 semanas. Segundo o Estado, o avanço da Delta foi o motivo para tal medida.

Desde o início do projeto com coletas realizadas entre fevereiro e março deste ano, o projeto já emitiu nove notas técnicas. Além do levantamento das linhagens encontradas em circulação, os documentos trazem a distribuição geográfica da identificação das linhagens do vírus. A última divulgação mostra que a variante Delta estava presente em amostras de Duque de Caxias, Itaborai, Itaguai, Japeri, Marica, Mesquita, Niterói, Nova Iguaçu, Queimados, Rio de Janeiro, São João do Meriti e Seropédica. Em Petrópolis a variante ainda não foi identificada.

“A coleta do material é feita de forma aleatória, justamente para identificarmos por onde as variantes estão circulando e assim nortear ações de enfrentamento mais eficazes. A adoção de novas medidas restritivas pelo estado e municípios deve considerar a distribuição espaço-temporal das linhagens e a presença de mutações associadas ao escape do sistema imune”, pontua a pesquisadora.

 

 



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